При направлении работника организации в служебную командировку на личном автомобиле следует начислить ему компенсацию за использование его личного имущества в служебных целях. Такой вывод следует из письма ФНС России от 21.05.2010 № ШС-37-3/2199.
Если личный автомобиль используется в служебных целях, то согласно подпункту 11 пункта 1 статьи 264 НК РФ расходы на компенсацию за использование его для служебных поездок могут быть учтены в пределах норм, установленных Постановлением Правительства РФ от 08.02.2002 № 92.
О других аспектах налогового учета компенсации см. здесь.
